進入薩迦寺，首先看到的是宏大的寺院，被一座正方形城堡包圍著，它的外牆繪有象征文殊、觀音和金剛手菩薩的紅、白、黑三道不同的顏色，成為薩迦派寺廟獨特的標志。因此薩迦派又稱為“花教”，它的建筑也集印度、漢、藏三種風格。

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寺內所藏文物相當豐富，其中包括大量手抄佛經，據說是八思巴當年集合全藏書寫家抄寫的，並且保存有手工細致的壁畫，還有３０００多塊已有上千年歷史的梵文貝葉經。

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在薩迦寺至今還保留著元代中央政府給薩迦地方官員的冠帶、印璽、封誥、服飾，以及宋、元以來的佛像、法器、瓷器等等。又因有大量元代壁畫、雕像，所以這裡也有“中國第二敦煌”之稱。

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